Japonia, rok 1949. Dwa lata po wydarzeniach z filmu „Godzilla Minus One” rodzina Shikishimów próbuje odnaleźć spokój po dramatycznych przeżyciach. Kōichi i Noriko muszą jednak stawić czoła kolejnej katastrofie, która ponownie wystawi ich nadzieję i determinację na próbę. Takashi Yamazaki powraca do historii ludzi mierzących się z potęgą Godzilli, łącząc osobisty dramat z widowiskiem o ogromnej skali.